برج هزاره سوم پاسارگاد به عنوان ساختمان مرکزی بانک پاسارگارد با زیربنای حدود ۶۰۰۰۰ مترمربع در خیابان میرداماد، قطب مالی و اداری تهران بزرگ، قرار گرفته است. این ساختمان در زمینی به صورت مستطیل که از خیابان میرداماد (در شمال) تا خیابان دامن افشار (در جنوب)گسترده شده است شامل موتورخانه در زیرزمین نهم، پارکینگ در زیرزمین های هشتم تا سوم، آمفی تئاتر در زیرزمین های دوم و اول، شعبه و ورودی اصلی برج در همکف، رستوران و فضای خدماتی در طبقه اول، فضاهای اداری در طبقات دوم تا دوازدهم و فضاهای مدیریتی در طبقات سوم تا پانزدهم، می باشد. 

در طراحی این ساختمان از اصل تقارن بهره برده شده است، به گونه ای که فضاهای اداری در بال های شمالی و جنوبی ساختمان و فضاهای خدماتی و انتقال عمودی در مرکز ساختمان قرار گرفته اند. بنای تمام شیشه ای این برج نشان از شفافیت بانک پاسارگاد در عملیات بانکداری دارد که با رنگ مشکی که یکی از نمادهای بانک پاسارگاد است همراه شده است.